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项目详情

国家基因组科学数据中心是面向生命健康领域的公共大数据平台,官网将其定位为服务我国人口健康、生物安全和社会可持续发展重大战略需求的数据中心。平台围绕生命健康大数据开展汇交整合、安全管理与开放共享,并通过大数据智能治理、前沿交叉与转化应用的新技术和新方法研究,支撑生命科学研究以及生物经济与产业创新发展。与单一数据库不同,平台同时聚合多类基因组、组学、样本、项目、疾病、变异、甲基化和文献资源,并提供跨域检索、数据提交、序列比对等入口。

核心功能

多类型生命健康数据库

平台首页提供“All Databases”入口,收录BioProject、BioSample、GSA、GSA for Human、GWH、GVM、GEN、MethBank、GWAS Atlas、Cell Taxonomy、CancerSEA等多类资源,也包含面向疾病、基因表达、非编码RNA、变异、植物与动物等主题的数据库。资源页面覆盖基因组序列、组学原始数据、生物样本信息、基因表达、甲基化和生物数据库目录等不同数据类型,用户可以按具体数据库进入相应服务。

跨域检索与数据库搜索

平台提供“BIG Search”跨域检索入口,首页给出了PRJCA000126、SAMC000385、tp53、EGFR、human、KaKs_Calculator和GenBank等检索示例。搜索范围可选择“All Databases”,用于在多个生命科学数据资源中查找项目、样本、基因、物种或相关数据库条目。官网同时提供“查看所有数据库资源”入口,便于从数据库目录进入具体资源。

数据提交与汇交

首页提供“提交”入口,并列出科技计划项目数据汇交、数据提交等相关服务。GSA可用于组学原始数据归档,GSA-Human对应人类组学原始数据归档,BioProject对应生物项目信息库,BioSample对应生物样本信息库,GenBase对应基因序列库,GVM对应基因组变异库,OMIX对应多元数据归档库。部分资源页面同时提供提交入口,例如BioProject、BioSample、GSA、GSA-Human、GWH和GVM等,具体提交对象随数据库类型而不同。

序列搜索比对与在线分析

平台将“序列搜索比对”列为首页快捷服务,并提供BLAST入口。教育与工具资源区域还列出生物信息在线分析平台BIT、BioCode生物工具软件、EWAS Toolkit、SARS-CoV-2 Toolkit、CCAS、CCLHunter、LGC和VISTA等工具或分析服务。官网正文没有进一步说明各工具的输入格式、输出格式或使用限制,因此具体分析能力需要以对应工具页面为准。

专题数据与研究资源

除通用数据库外,平台还提供新冠病毒信息库、免疫力数字解码、EWAS Atlas、Brain Catalog、HemAtlas、ASCancer Atlas、TWAS Atlas、NucMap、Cell Taxonomy等专题资源。这些资源分别面向病毒信息、免疫力、表观遗传学、脑科学、血液、癌症、转录组关联分析、核小体定位和细胞分类等方向。官网还列出OpenLB生命科学文献库、Database Commons生物数据库目录,以及面向植物、动物和人类数据的多项资源。

使用方式

平台以Web端服务为主,首页提供数据库目录、跨域检索、数据提交、科技计划项目数据汇交、序列搜索比对和专题数据库入口。页面设有登录入口,并提供中文与英文语言切换。用户可从“All Databases”或“BIG Search”开始检索,也可以进入GSA、GWH、BioProject、BioSample、GVM等资源进行相应数据汇交。官网正文列出了多个在线工具和分析平台,但没有说明是否提供统一API、命令行客户端或是否需要自备模型Key。

适用人群与场景

生命科学研究人员可以使用基因组、转录组、基因表达、变异、甲基化和细胞分类等数据库开展数据检索与研究。需要提交或归档数据的项目团队,可以通过BioProject、BioSample、GSA、GSA-Human、GWH、GVM和OMIX等入口进行项目、样本、组学原始数据、基因组序列、变异或多元数据汇交。开展序列分析和生物信息学处理的用户,可以使用BLAST、BIT、BioCode及其他在线工具。关注人口健康、生物安全、生物经济和产业创新的机构,则可以通过专题数据库、跨域检索和开放共享资源获取相关生命健康数据。

注意事项

官网同时提供中文和英文入口,但给定正文没有说明各数据库是否全部提供完整中文界面。页面列出了登录入口和多个数据提交入口,但没有在正文中说明注册条件、数据审核流程、下载权限、统一API或具体收费标准。

多类型生物数据库汇集基因组、组学、样本、项目、变异、甲基化、疾病和文献等生命科学数据资源。
跨域检索通过BIG Search在多个数据库中检索项目、样本、基因、物种及相关数据条目。
数据汇交与归档提供BioProject、BioSample、GSA、GSA-Human、GWH、GVM和OMIX等数据提交或归档入口。
序列搜索比对提供序列搜索比对服务入口,并在工具区域列出BLAST等生物信息学工具。
专题数据资源提供新冠病毒、免疫力、癌症、脑科学、表观遗传学和细胞分类等专题数据库。

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