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项目详情

GenBank 是 NIH 的遗传序列数据库,也是 NCBI 提供的公开DNA序列资源。它以带注释的形式收集公开可用的DNA序列,并通过国际核苷酸序列数据库协作与日本DNA数据库(DDBJ)、欧洲核苷酸档案(ENA)交换数据。用户可以在网页上检索序列标识符和注释、使用BLAST进行序列比对、通过 NCBI e-utilities 以程序方式搜索和下载数据,也可以按照提交工具和提交类型向数据库提交序列。数据库数据经过自动和人工处理后公开发布,并按固定版本提供发布说明、样例记录和增长统计等资料。

核心功能

核苷酸序列与注释检索

GenBank 支持通过 Entrez Nucleotide 搜索序列标识符和注释。数据库内容是公开可用DNA序列的带注释集合,用户可以围绕序列记录查找相关信息。官网还提供 GenBank flat file 格式的注释样例记录,用于展示记录中包含的多种字段和特征。

BLAST 序列搜索与比对

用户可以提交查询序列,在 GenBank 序列中进行搜索和比对。该功能通过 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)提供,官网同时列出了多个 BLAST 数据库的相关信息入口,适合需要将查询序列与数据库序列进行比较的使用场景。

程序化访问与下载

GenBank 支持通过 NCBI e-utilities 以程序方式搜索、关联和下载序列。对于需要批量获取或将序列数据接入研究流程的用户,官网提供了相关使用文档。序列数据还可以从 NCBI 的匿名 FTP 服务器获取,官网列出了 ASN.1 和 flatfile 两种格式的下载位置。

序列提交与数据处理

GenBank 的新数据主要来自不同个人的直接提交,其中包括研究人员。提交者可以使用官网提供的提交工具和提交类型说明,提交后的数据会经过自动和人工处理,以检查数据完整性和质量,之后再向公众提供。官网还提供提交门户、基因组提交指南、WGS 提交指南以及常见提交错误等资料。

版本发布与记录资料

GenBank 每两个月发布一个版本,并在 FTP 站点提供。当前版本的发布说明会介绍版本细节和即将发生的变化,历史版本的发布说明也可以查阅。官网还提供传统 GenBank 分区和 WGS 分区的增长统计、序列编号说明、样例记录以及记录修订历史等资源。

使用方式

GenBank 提供网页检索、BLAST 搜索与比对、NCBI e-utilities 程序化访问和 FTP 下载等方式。用户可以通过 Entrez Nucleotide 查询序列与注释,也可以使用 e-utilities 搜索、关联和下载序列。提交者可使用 GenBank 提交工具、提交门户及不同类型的基因组或WGS提交指南。正文未说明使用这些功能是否需要注册,也未提到需要自备模型密钥。

适用人群与场景

研究人员可以使用 GenBank 查询公开DNA序列和注释,并通过BLAST将查询序列与数据库内容进行比对。需要编程处理序列数据的用户可以使用 NCBI e-utilities 搜索、关联和下载记录。进行基因组、WGS、宏基因组或TSA数据工作的提交者,可以参考相应的提交类型、提交工具和数据处理指南。需要获取数据库文件的用户可以通过 FTP 下载 ASN.1 或 flatfile 格式的数据。

注意事项

GenBank 不限制数据在科学界的访问和传播,但部分提交者可能对其提交的数据主张专利、版权或其他知识产权,NCBI 不负责判断这些主张是否有效。提交人如果上传人类序列,不应包含能够揭示来源个人身份的信息,并应在提交前取得所需的知情同意授权。官网还说明,自 2026 年 6 月 16 日起,GenBank 将不再接受私人个人提交的个人序列数据,包括个人的人类染色体、基因组或线粒体DNA数据。提交数据在公开前可按请求暂缓发布,但如果 accession number 或序列数据提前出现在纸质或网络出版物中,序列将被发布。

DNA序列检索通过 Entrez Nucleotide 搜索 GenBank 中的序列标识符和注释。
BLAST序列比对使用 BLAST 搜索并比对 GenBank 序列与查询序列。
程序化访问通过 NCBI e-utilities 以程序方式搜索、关联和下载序列。
序列提交提供提交工具、提交门户及基因组、WGS等类型的提交指南。
版本与数据下载按两个月一次的节奏发布版本,并通过FTP提供 ASN.1 和 flatfile 数据。

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