iDog 是由中国国家基因组科学数据中心(NGDC)开发和维护、与中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室合作建设的犬科生物信息学资源。它面向全球犬类研究社区,整合家犬(Canis lupus familiaris)与野生犬科动物的数据服务,用于查询犬类基因组、基因组变异、基因表达、单细胞转录组、表观基因组及同源基因等信息。与只提供单一数据库查询的资源相比,iDog 还纳入品种与疾病性状、犬类与人类相关疾病、BioProject、BioSample 和文献,并提供基因组数据可视化及多种在线分析工具。当前版本使用 UU_Cfam_GSD_1.0(CanFam4)作为参考基因组,并对多组学数据提供注释与分析服务。
核心功能
基因组与基因注释
iDog 提供犬、豺和狼等犬科动物的基因组数据,并以 UU_Cfam_GSD_1.0(CanFam4)作为当前版本的参考基因组。资源覆盖基因、基因组以及同源基因信息,可用于围绕犬科基因组进行数据检索和注释查询。
基因组变异查询
资源收录基因组变异数据,包括 DNA 变异、古代 DNA 变异和疾病相关变异。官网列出 1,929 条 DNA 变异、111 条古代 DNA 变异和 530 条疾病变异,研究者可以结合基因、位置、品种或疾病等信息开展相关查询。
品种、疾病与基因型-表型信息
iDog 提供品种与疾病性状数据,以及犬类与人类相关疾病信息。官网列出 482 个品种、897 种疾病和 3,207 个 G2P pairs,可用于查看犬类品种特征、疾病关联和基因型与表型之间的关系。
转录组与单细胞数据
iDog 收录基因表达和单细胞转录组数据。转录组部分覆盖 84 种组织、26 个细胞系和 43 个品种;单细胞部分提供 105,057 个比格犬海马细胞及 349 个基因标记,并支持按组织浏览特定组织中的基因表达水平。
表观基因组数据
资源包含 DNA 甲基化和染色质可及性数据,官网列出 547 个 DNA 甲基化样本和 87 个染色质可及性样本。该部分与基因组、转录组及其他多组学数据共同构成犬科研究的数据基础。
在线可视化与分析工具
iDog 提供用于基因组数据可视化和多种分析的在线工具,官网列出 13 个工具。工具区域包括基因组浏览、单倍型图谱、FST、组织特异性表达分析、犬类变异相关工具和犬类基因组区域分析等入口。
使用方式
iDog 以在线数据资源和网页工具的形式提供服务,用户可以在网页中查询基因组、变异、品种、疾病、表达、单细胞和表观基因组数据,也可以使用在线可视化与分析工具。正文未说明必须注册、需要自备模型 Key、提供命令行客户端或开放 API;页面同时提供项目、样本、出版物和工具等数据入口。
适用人群与场景
犬类基因组研究者可使用基因组、基因注释和变异数据开展犬科遗传研究;关注遗传疾病的研究者可查询疾病变异、疾病性状及犬类与人类相关疾病;开展表达与细胞研究的用户可浏览组织、细胞系、品种和单细胞转录组数据;需要整合研究资料的用户可使用 BioProject、BioSample、文献以及在线可视化和分析工具。
定价
iDog 仅限学术用途免费使用。商业用途需要联系 iDog 获取商业授权条款,官网提供的联系邮箱为 idog@big.ac.cn。
注意事项
官网明确说明免费许可仅适用于学术使用,商业使用不在该免费许可范围内。当前版本使用 UU_Cfam_GSD_1.0(CanFam4)作为参考基因组;正文未说明注册要求、API、命令行工具或数据下载规则。