T-Coffee Server 是一个面向生物信息学序列分析的在线服务器，由巴塞罗那的 Centre for Genomic Regulation（CRG）托管。它围绕 T-Coffee 项目提供蛋白质、RNA 与 DNA 序列比对，并将结构信息、二级结构、三级结构、同源性扩展以及多种比对器组合纳入不同工具入口。除生成比对结果外，服务器还提供 TCS、iRMSD-APDB、T-RMSD 和 Strike 等评估工具，用于查看局部可靠性、结合结构信息评价多序列比对，或对相关蛋白结构域进行聚类。
核心功能
蛋白质序列比对
蛋白质序列区域提供多种处理路径，包括 Structural alignments（Expresso）、Combine popular aligners（M-Coffee）、Transmembrane proteins（PSI/TM-Coffee）和 Homology extension（PSI-Coffee）。这些入口分别对应结构比对、流行比对器组合、跨膜蛋白处理和同源性扩展，用户可根据蛋白质数据的分析方向选择方法。
RNA 序列比对
RNA 序列比对支持 Secondary structure（R-Coffee）和 Tertiary structure（SARA-Coffee），也支持通过 M-Coffee 组合流行比对器。页面将二级结构、三级结构和多方法组合分开列出，说明 RNA 分析可以按结构层次选择对应工具。
DNA 序列比对
DNA 部分提供 Combine popular aligners（M-Coffee）和 Homologous promoter regions（Pro-coffee）。前者用于组合流行的比对器，后者针对同源启动子区域，页面将这两类 DNA 比对任务作为独立入口提供。
比对结果评估
TCS 可以评估已有的 Alignment，并输出带颜色的版本，以显示局部可靠性。iRMSD-APDB 使用 APDB 和 iRMSD 的结构信息评估 Multiple Sequence Alignment；T-RMSD 用于对一组相关蛋白结构域进行细粒度结构聚类；Strike 则使用单个三维结构评估蛋白质 MSA。
高级选项与方法总览
Advanced 入口允许用户使用完整功能的 T-Coffee 选项运行比对。All 页面汇总所有可用的 T-Coffee 方法，便于从统一列表中查看不同工具。网站还提供 Tutorial、History、References 和 Download 等项目链接，并列出 Google Group 作为支持与讨论渠道。
使用方式
官网以 T-Coffee Server 的在线工具入口形式提供服务，用户可从蛋白质、RNA、DNA、Evaluation 或 Other 区域进入对应页面。正文没有说明是否需要注册，也没有提到需要自备模型 Key、API 或浏览器插件。除在线服务器外，官网还提供 Download 链接，并明确说明 Sources and binaries are available for download；同时提供 T-Coffee 项目及文档链接。
适用人群与场景
处理蛋白质序列的用户可以使用 Expresso、M-Coffee、PSI/TM-Coffee 或 PSI-Coffee，分别进行结构比对、比对器组合、跨膜蛋白分析和同源性扩展。进行 RNA 分析的用户可根据二级结构或三级结构选择 R-Coffee、SARA-Coffee。DNA 分析者可使用 M-Coffee 或 Pro-coffee 处理一般组合比对和同源启动子区域。需要检查比对可靠性或结构一致性的用户，则可使用 TCS、iRMSD-APDB、T-RMSD 和 Strike 等评估工具。
