UniProt 是面向蛋白质研究的数据资源与分析工具平台，官网将其定义为“world’s leading high-quality, comprehensive and freely accessible resource of protein sequence and functional information”。平台不仅提供 UniProt Knowledgebase 中经审阅的 Swiss-Prot 与未经审阅的 TrEMBL 条目，还覆盖物种蛋白组、蛋白序列聚类和公开序列存档，并提供 BLAST、序列比对、肽段搜索、ID 映射以及程序化访问等入口。与只提供单一检索功能的工具不同，UniProt 将蛋白质核心数据、支持数据、分析工具和数据下载组织在同一资源体系中。
核心功能
UniProt Knowledgebase 蛋白质数据
UniProt Knowledgebase 提供 Reviewed（Swiss-Prot）和 Unreviewed（TrEMBL）两类蛋白质数据入口。用户可以从蛋白质名称、基因或生物体等信息开始查找，例如官网给出的示例包括 Insulin、APP、Human、P05067 和 organism_id:9606。部分未经审阅的 UniProtKB/TrEMBL 条目还包含由 ProtNLM2 生成的机器学习或人工智能注释，涉及功能描述、亚细胞定位、关键词和 Gene Ontology（GO）术语；官网明确提到目前已有超过 26,000 个此类条目包含相关注释。
物种蛋白组与支持数据
Proteomes 数据库收录来自生命之树、具有测序基因组物种的蛋白质集合。除蛋白质和蛋白组主体数据外，平台还提供 Taxonomy、Keywords、Literature citations、Human diseases、Cross-referenced databases 和 Subcellular locations 等支持数据。自动注释部分包括 UniRule 与 ARBA，可用于查看相关的自动化注释内容。
UniRef 蛋白质聚类
UniRef 用于按序列同一性对蛋白质序列进行聚类，官网列出 100%、90% 和 50% identity 三个聚类层级。该数据入口适合在不同序列相似度范围内查看蛋白质簇，帮助用户从聚类视角组织和检索蛋白序列。
UniParc 序列存档
UniParc 是公开可用蛋白质序列的非冗余存档，保存的是在不同数据库中出现过的公开蛋白质序列。它与 UniProt Knowledgebase 的蛋白条目和 UniRef 的聚类入口相互补充，分别提供序列存档和序列聚类的数据组织方式。
序列分析、搜索与 ID 转换
BLAST 支持输入序列，通过成对序列比对寻找同源序列；Align 使用 Clustal Omega 对两个或更多蛋白质序列进行比对，以查找保守区域。Peptide search 可根据肽段序列搜索包含精确匹配的 UniProt 蛋白质，ID mapping 则支持使用 UniProt ID 列表查找蛋白质，或在 UniProt ID 与其他数据库 ID 之间进行转换。
使用方式
UniProt 提供网页端数据检索和工具入口，首页、BLAST、Align、Peptide search、ID mapping 及 SPARQL 均可直接进入。数据使用方式还包括 FTP 下载 UniProt release data、阅读技术文档，以及通过 REST、SPARQL 和 Java services 查询 UniProt 数据的程序化访问。官网同时提供提交入口，用于提交序列、出版物和注释更新；页面还列出 Jobs dashboard、Basket、Help 和 Contact 等功能入口。正文未说明必须注册，也未提到需要自备模型 Key。
适用人群与场景
蛋白质研究人员可使用 UniProtKB 查询蛋白质序列、功能信息、关键词、GO 术语和亚细胞定位。开展基因组或物种研究的用户可以查看具有测序基因组物种的 Proteomes 蛋白质集合。进行序列分析的用户可使用 BLAST 寻找同源序列、用 Align 查找保守区域，或用 Peptide search 查找包含指定肽段的蛋白质。需要批量处理数据的研究人员和开发者可以使用 ID mapping、FTP 下载，以及 REST、SPARQL 和 Java services 程序化访问 UniProt 数据。
定价
官网将 UniProt 描述为“freely accessible resource”，正文未列出订阅档位、付费方案或具体免费额度。页面同时提供 FTP 下载和程序化访问入口，但未在给定正文中说明这些功能对应的价格安排。
