ENCODE Portal 是一个围绕功能基因组学数据组织的在线门户，官网以“Search the ENCODE Portal”为入口，并将数据检索、实验矩阵、注释浏览和研究专题分成多个入口。它覆盖 Functional genomics、Functional characterization、Encyclopedia of elements、Computational and integrative products 等方向，同时提供 Region search、Encyclopedia browser、RNA-get、Publications、Materials and methods 和 Getting started 等页面。与只提供单一数据集检索的页面相比，ENCODE Portal 将实验、注释、细胞、供体、发育、参考表观基因组和研究方法等内容放在同一套门户导航中。
核心功能
功能基因组学实验检索
Functional genomics 入口用于浏览功能基因组学实验，页面按 Experiment 类型提供检索入口，并显示 released 状态的数据范围。用户还可以从 ChIP-seq experiments 进入组蛋白 ChIP-seq 与 Mint-ChIP-seq 实验页面，按官网列出的实验类型查看相关内容。
功能表征与调控元件浏览
Functional characterization 页面面向功能表征实验与系列，官网列出的对象包括 FunctionalCharacterizationExperiment、FunctionalCharacterizationSeries 和 TransgenicEnhancerExperiment。Encyclopedia of elements 则提供 candidate Cis-Regulatory Elements、chromatin state 和 representative DNase hypersensitivity sites 等注释入口，用于浏览 DNA 元件相关内容。
多类专题实验矩阵
门户提供多个按研究主题组织的实验矩阵，包括 Rush Alzheimer’s、EN-TEx、Deeply profiled cell lines、Human donors、ENCORE、Stem cell differentiation、Immune cells、Mouse development、Reference epigenome 和 Single-cell experiments。不同矩阵对应不同的样本、供体、细胞、发育或实验主题，官网页面中的筛选条件也明确涉及人类供体、小鼠发育、免疫细胞、干细胞分化和单细胞实验等范围。
注释、计算产品与推断实验
Computational and integrative products 入口用于查找计算和整合类产品，Imputed experiments 入口专门列出 imputation 类型的注释结果。官网还提供 Encyclopedia browser，可按 released 状态、GRCh38 assembly、bigBed 或 bigWig 文件格式以及当前 encyclopedia version 浏览相关文件和注释。
RNA 表达与基因组区域检索
RNA-get 页面提供 RNAExpression 类型内容的检索入口，Region search 则提供按基因组区域查找的页面。两者分别从 RNA 表达和区域定位角度组织数据，与实验矩阵和百科浏览入口形成不同的查询路径。
研究资料与方法文档
门户导航中包含 Materials and methods、Publications 和 Getting started。Materials and methods 对应数据标准与方法页面，Publications 用于查看相关出版物，Getting started 则提供入门入口；这些页面与实验检索和注释浏览并列，构成从开始使用到查找研究资料的辅助路径。
使用方式
ENCODE Portal 通过网页提供搜索框、实验矩阵、专题矩阵、注释搜索、百科浏览和区域搜索等入口。官网正文列出了 Search the ENCODE Portal、Getting started、Materials and methods 与 Publications，但没有说明是否需要注册、是否提供客户端、浏览器插件、命令行工具或 API，也没有说明需要自备模型 Key。页面链接中可见的筛选条件包括数据类型、实验类型、状态、物种、细胞和文件格式等。
适用人群与场景
功能基因组学研究者可使用 Functional genomics 和 Functional characterization 入口查找实验与功能表征数据。关注 DNA 调控元件和表观基因组的用户可浏览 Encyclopedia of elements、Encyclopedia browser 和 Reference epigenome。需要按样本或生物学主题查找数据的用户，可使用 Human donors、Immune cells、Mouse development、Stem cell differentiation 和 Single-cell experiments 等专题矩阵。需要查找 RNA 表达、基因组区域、计算整合结果或研究资料的用户，则可使用 RNA-get、Region search、Computational and integrative products、Publications 与 Materials and methods。
